Negli interventi di programmazione per la costruzione di nuovi impianti di trattamento si devono prevedere una serie di operazione tese al miglioramento della qualità dei reflui come garanzia di un efficiente processo di depurazione, in applicazione delle vigenti normative. Il problema della gestione dei reflui verrà affrontato a monte al fine di rimuovere cause di disfunzione e, successivamente nell'ambito di casi specifici. Proprio come avviene per i rifiuti, anche per le acque bisognerebbe puntare a una depurazione differenziata per ottenere reflui che rispecchino determinati standard di qualità. La preparazione degli operatori del settore, poi, svolge un ruolo determinante nel rilevare e prevenire disfunzioni.