Come per tutti i distretti dell'addome, anche l'apparato urogenitale ha incontrato una crescita d'interesse nelle applicazioni della RM, strettamente legato allo sviluppo tecnologico delle apparecchiature e al diffondersi dell'impiego dei mezzi di contrasto. Il sinergismo tra le moderne sequenze e i mezzi di contrasto è alla base del notevole avanzamento in questi ultimi anni, sia sotto il profilo dei risultati diagnostici e clinici, sia della qualità dell'immagine. Alle prime applicazioni, ben codificate nella letteratura, come lo studio RM della prostata e dell'utero, dove questa tecnica svolge un ruolo importante nella stadiazione delle neoplasie, si sono affermate altre applicazioni cliniche in ambito renale, vescicale e annessiale. Un'altra area di applicazione è rappresentata dallo studio della via escretrice renale, mediante le tecniche di pielografia e urografia-RM; con queste tecniche, è possibile evidenziare le cavità calicopieliche e l'uretere, con un dettaglio che si avvicina sempre più a quello dell'urografia endovenosa. La RM viene quindi ad avere un peso sempre più significativo nell'iter diagnostico della patologia dell'apparato urogenitale.