Fino a poco tempo fa, i termini microbiota, microbioma, virobiota e micobiota erano poco conosciuti dalla maggior parte della gente e, forse, anche dai medici. Oggi, si presta maggiore attenzione alle problematiche correlate alle funzioni intestinali e le conseguenti ricadute sulla salute. Fino ad oggi, l'apparato digerente veniva considerato quasi esclusivamente per la funzione digestiva e per l'assorbimento delle sostanze nutrienti; invece scopriamo che è importante per regolare il passaggio di macromolecole tra l'ambiente e l'organismo. Tale processo è regolato da fini meccanismi di barriera, è strettamente correlato al tessuto linfoide: assume importanza il sistema immunitario. In questa funzione di contenimento selettivo sono importanti tight junctions: deputate al controllo dell'equilibrio tra tolleranza e immunità nei confronti degli antigeni non-self. Sono fondamentali anche le funzioni metaboliche della microflora intestinale. Infatti il tipo di microbiota, è importante perché potrebbe fornirci indicazioni utili a garantire la salute dell'individuo.