La Loggia è nata in clandestinità nei primi anni '30 ad opera di alcuni Fratelli confinati a Ponza dal regime fascista. Tra loro figuravano Domizio Torrigiani che, in qualità di Gran Maestro, dovette sciogliere il Grande Oriente d'Italia nel 1925 e Placido Martini, artefice della creazione del movimento antifascista in Italia insieme ad altri sette Fratelli, tutti trucidati, come lui, alle Fosse Ardeatine. Fu denominata 'Carlo Pisacane', in onore del rivoluzionario e patriota italiano risorgimentale, 'di Ponza' per ricordare la spedizione organizzata dal Pisacane che proprio da Ponza salpò insieme a trecento "giovani e forti" per liberare il popolo sottomesso alla tirannia borbonica e che trovò la morte a Sanza il 2 luglio 1857, nel corso dell'impresa. Episodio che ispirò Luigi Mercantini per la composizione della nota poesia La Spigolatrice di Sapri. Solo nel 1965 sarà costituita la R.L. Garibaldi-Pisacane di Ponza-Hod n. 160 con Decreto n. 216 del Gran Maestro Giordano Gamberini.