Una fonte sostiene che suo padre Antònio Nunes fosse spagnolo mentre un'altra ci dice che entrambi i suoi genitori fossero originari di Coimbra. Il suo nome di battesimo è Domingos, ma lo cambia il 4 settembre 1571 quando pronuncia i voti nel monastero agostiniano di Santa Cruz a Coimbra. Nel 1597 ricopre l'incarico di maestro di cappella sia a Santa Cruz sia a São Vicente de Fora a Lisbona, monastero appartenente alla stessa congregazione. Non conosciamo i dettagli sugli spostamenti tra le due sedi agostiniane, sappiamo solo che nel 1605 gli fu ordinato di lasciare São Vincente per tornare a Santa Cruz e che nel 1615 fu chiamato nel monastero di Lisbona. In un manoscritto con il suo necrologio oltre ad essere ricordato per le abilità nella composizione, Pedro de Cristo è anche celebrato come valido insegnante e abile interprete all'arpa, al flauto, alla dulciana e alla tastiera. Muore nel dicembre del 1618 a Coimbra.