Il Museo Nazionale di Egnazia, parte integrante del Parco Archeologico, è ubicato all'esterno del circuito murario difensivo di IV secolo a. C. che racchiude l'area della città antica. Venne ideato e realizzato negli anni '70 del Novecento allo scopo di raccogliere ed esporre al pubblico la ormai copiosa documentazione rinvenuta negli scavi effettuati ad Egnazia a partire dal 1912, che avevano messo in luce tombe messapiche, cospicui resti della città romana e tardo antica e, sull'acropoli, una fortificazione medievale, le fondazioni di un tempio di III-II secolo a. C e strutture abitative dell'età del Bronzo. Il percorso museale, realizzato secondo un'ottica cronologica e territoriale, documenta la storia di Egnazia.