Il Museo Nazionale Archeologico di Egnazia, costruito fra il 1971 e il 1975, racconta la storia dell'insediamento, dall'età del Bronzo al Medioevo, rivelata dalle attività di scavo e tutela avviate nel 1912. Localmente noto come Antiquarium fra gli ulivi, il Museo costituisce un punto di riferimento per la conoscenza archeologica del territorio in cui è inserito e un polo di attrazione per il turismo culturale. Il 15 luglio 2013 il Ministero dei beni e delle attività culturali e del turismo ha decretato l'intitolazione del museo a Giuseppe Andreassi, direttore del museo e dell'area archeologica dal 1976 al 1985 e Soprintendente per i beni archeologici della Puglia dal 1990 al 2009, per l'impegno profuso durante l'attività istituzionale. Il percorso espositivo è articolato, attraverso XIII spazi, in sette sezioni: Egnazia nel tempo; Egnazia nell'età del Bronzo; Egnazia nella Iapigia; Egnazia nella Messapia; Egnazia in età romana; La città del vescovo; Egnazia nel Medioevo.